La ressource en eau et les milieux aquatiques subissent de nombreuses atteintes dans le département. La LPO vendée siège dans plusieurs commission et groupe techniques (SAGE, CTMA, ...) et réalise une veille permanente sur les aménagements et les dégradations portés sur ces milieux. Elle participe, entre autre, à la réalisation des cours d'eau du département (coordonnée par la préfecture du département) en partenariat avec Vendée Nature Environnement, Terres & Rivières, Natur'Avenir, Comité pour la Protection de la Nature et des Sites.